玉髓屬于隱晶質結構，具有較高的透明度，它的質地細膩，仔細觀察看不到條帶狀紋理。而瑪瑙是由脫氧二氧化硅的凝膠體構成，其透明度相對較低，質地比較粗糙，仔細觀察可以看到明顯的條帶狀紋理。
物理構造不同是玉髓和瑪瑙的主要區(qū)別之一，玉髓和水晶比較相似，它屬于石英的隱晶質結構，具有較高的透明度。而瑪瑙其實是由脫水二氧化硅的凝膠體構成，其透明度和玉髓相比要低一點。
從玉髓和瑪瑙的質地來看，玉髓是一種質地比較細膩的天然礦石，而瑪瑙的顆粒結構相對較明顯，是一種質地相對粗糙的天然礦石，因此分別將玉髓和瑪瑙握在手中揉搓時，可以明顯分辨出來。
此外玉髓和瑪瑙的區(qū)別還在于紋理不同，仔細觀察玉髓和瑪瑙時，可以看到玉髓沒有條帶狀紋理，它可以呈現(xiàn)出較強的玻璃至油脂光澤。而瑪瑙可以看到明顯的條帶狀紋理，可以呈現(xiàn)出玻璃光澤。
